U faga T4 transkripcija je kontrolirana posebnim transkripcijskim faktorima; rani T4 geni imaju promotore čije prepoznavanje ovisi o kappa faktoru stanice domaćina.
“Heat-shock” proteini stvaraju se kao odgovor na povišenu temperaturu u E. coli; ovi proteini štite dalje stanicu od posljedica povišene temperature.
Promotorske sekvencije različitih gena E. coli se razlikuju; budući da je afinitet RNA-polimeraze različit za različite sekvencije stopa inicijacije transkripcije varira.
Učinkovitiji promotori transkribiraju se sa većom stopom, npr. promotor gena I lac operona – promotor divljeg tipa gena stvara samo jednu mRNA po ciklusu, dok mutantne promotorske sekvence stvaraju do 50 mRNA po staničnom ciklusu što znači da je stopa transkripcije kontrolirana efikasnošću promotora za vezanje RNA-polimeraze.
Kontrola na razini translacije
Odnosi se na učinkovitost translacije mRNA. U prokariota je translacijska kontrola slabo izražena jer su mRNA nestabilne i kratkoživuće molekule. Produkti gena operona razlikuju se u količini, naime redoslijed gena operona određuje i količinu produkta (10:5:2 u lac-operonu). Što je gen bliži promotoru, prije započinje njegova transkripcija, te produkta toga gena ima više. Postoji i regulirajuća RNA molekula (antisense RNA) koja je komplementarna 5’ kraju mRNA, pa zbog toga može spriječiti translaciju mRNA.
Treći mehanizam translacijske kontrole odnosi se na efikasnost vezanja mRNA za ribosom, što ovisi u određenoj mjeri o nukleotidnoj sekvenciji na 5’ kraju mRNA.
Učestalost korištenja nekih kodona (engl. codon usage), zbog prevelikog genskog koda, također može sudjelovati u translacijskoj kontroli proteina budući da su različite tRNA molekule prisutne u stanici u različitim količinama.
Stanica može imati i određenu kontrolu nad funkcioniranjem enzima koji su alosterički proteini što objašnjava aktivaciju i deaktivaciju represora lac-operona. Druga vrsta kontrole obuhvaća tzv. povratnu inhibiciju (engl. feedback) što znači da je krajnji produkt nekog biosintetskog puta ujedno i inhibitor toga puta (trp-operon). Treća vrsta regulacije je kovalentna modifikacija proteina: stvaranje disulfidnih veza, vezanje prostetičkih skupina, šećera ili lipida što čini modifikaciju ireverzibilnom i protein tada postaje funkcionalan. Također i reverzibilne kovalentne modifikacije proteina poput fosforilacije, acetilacije i metilacije utječu na funkciju proteina.