Regulacija ekspresije gena u prokariota se odvija uglavnom na transkripcijskoj razini.
Poznati sustavi regulacije su: Lac-operon i Trp- operon.
Operon je sekvencija gena pod zajedničkom transkripcijskom kontrolom istog promotora i operatora.
Za regulaciju ekspresije strukturnih gena operona odgovoran je gen regulator I čiji je produkt represorski protein.
Lac-operon je inducibilni operon jer se aktivira ukoliko je induktor (alolaktoza) prisutan u stanici.
Lac-operon je pod dvostrukom kontrolom: negativnom kontrolom represora i pozitivnom kontrolom kompleksa cAMP-CAP.
Trp-operon je primjer regulacije krajnjim produktom.
U manjoj mjeri regulacija se odvija na translacijskoj i posttranslacijskoj razini.