Eukariotski kromosom građen je od molekule DNA, histonskih i nehistonskih proteina.
Histoni su bazični proteini bogati aminokiselinama arginin i lizin (H2A, H2B, H3, H4 i H1).
Nukleosom je osnovna jedinica pakiranja kromatina.
Kromatin dijelimo u eukromatin (transkripcijski aktivan) i heterokromatin (transkripcijski inaktivan; konstitutivni i fakultativni).
Kromosomsko pruganje omogućava detekciju konstitutivnog heterokromatina u području centromera (C-pruge) i interkalarnog heterokromatina u području krakova kromosoma (G-pruge).
Eukariotski genom čine jedinstvene sekvencije odnosno strukturni geni i velika količina ponavljajućih sekvenci koje su važne u regulaciji ekspresije gena (visoko ponavljajuće i umjereno ponavljajuće sekvencije).