3.
- interakcije alela istoga gena
- interakcije alela različitih gena
- pleiotropni učinak gena
- penetrabilnost i varijabilna ekspesivnost gena
Križanja hibrida ponekad ne daju klasične Mendelove fenotipske omjere F2 generacije (3:1; 9:3:3:1). Modeli nasljeđivanja mnogih svojstava su složeniji od jednostavnog Mendelovog nasljeđivanja. Razlozi za to su: vezanost gena za neki od autosoma, vezanost gena za spolne kromosome, način na koji su geni eksprimirani u fenotipu te način njihova prijenosa. Djelovanje gena nije uvijek izravno i jednostavno kao u monohibridnom križanju (jedno svojstvo kontrolira jedan par alela, od kojih jedan alel pokazuje potpunu dominaciju u heterozigota). Aleli gena (dva ili više njih) mogu interakcijom dati F1 fenotipove potpuno različite od roditeljskih ili F2 fenotipove s modificiranim omjerom.