Gen može imati više od dva alela na razini populacije; to su multipli aleli.
Multipli aleli nastaju mutacijama na različitim mjestima gena.
Svaka mutacija unutar sekvencije gena kontrolira različite oblike istog svojstva.
Primjeri za multiple alele:
- krvne grupe ABO, MN i Rh kod čovjeka
- samoinkompatibilnost kod biljaka
- boja dlake kunića