Aleli istoga gena interakcijom daju fenotipove F1 generacije koji pokazuju nepotpunu dominaciju ili kodominaciju. Fenotipski omjer F2 generacije je tada 1:2:1.
Do odstupanja od fenotipskog omjera monohibridnog križanja (3:1) također dolazi kada je jedna od homozigotnih klasa u F2 generaciji kontrolirana letalnim alelom (fenotipski omjer 2:1).
Kada dva različita gena kontroliraju isto svojstvo oni interakcijom daju modifikaciju fenotipskog omjera 9:3:3:1. Prijenos tih gena je normalan i u F2 generaciji nastaje 9 očekivanih genotipova zbog nezavisne segregacije, ali broj fenotipova je manji od 4.
Epistaza je međudjelovanje dva ili više gena na način da jedan gen suprimira djelovanje drugoga; može biti dominantna i recesivna.
Pleiotropni učinak je sposobnost gena za višestruke fenotipske učinke.
Penetrabilnost gena je rezultat ekspresije njegovog dominantnog alela i drugog alelnog faktora.
Penetrabilni geni pokazuju varijabilnu ekspresivnost.